La Base Lunare Alfa dovrà servire da centro di controllo e supervisione di questo immane deposito nucleare. La Base Lunare Alfa è gestita da poche centinaia di persone (per la precisione 311): essi sono in massima parte tecnici e svolgono un lavoro ingrato e non scevro di pericoli e insidie.
Passano gli anni e con l'accumulo delle scorie radioattive avvengono i primi strani incidenti in cui vengono coinvolti alcuni abitanti della base: una radiazione magnetica sconosciuta, provocata dall'elevatissima concentrazione di scorie radioattive, provoca nelle persone contaminate un lento e inesorabile decadimento delle funzioni vitali che porta gli sfortunati fino alla morte. Nel frattempo le antenne della Base Alfa captano un segnale di natura extraterrestre proveniente da un pianeta chiamato "Meta.
Le competenze presenti in quel momento sulla base non sono in grado di decifrarne le caratteristiche e si reputa opportuno affidare questa delicatissima attività a un personaggio che rivestirà in seguito un ruolo fondamentale in tutta la serie: il giorno 9-9-1999 arriva sulla Luna il comandante John Koenig per risolvere questo enigma.
Durante un'esplorazione sul suolo lunare avviene una prima esplosione localizzata in uno dei tanti depositi di scorie nucleari posizionati sotto la superficie lunare: gli alfani cominciano a rendersi conto di vivere e di lavorare su una enorme bomba atomica e cercano in tutti i modi di rendere inoffensive le scorie radioattive in modo da evitare pericolosissime reazioni a catena. Non fanno però in tempo scongiurare la catastrofe e il 13 settembre 1999 una violentissima esplosione nucleare riesce a scardinare la Luna dalla sua orbita intorno alla Terra e a scagliarla negli angoli più reconditi dell'Universo.
Gli abitanti di Alfa, miracolosamente illesi dopo questa immane esplosione, diventano i passeggeri di una delle più strane e ingovernabili astronavi immaginabili: la Luna. Termina così la prima puntata della prima serie di "Spazio 1999" e iniziano le avventure e le peregrinazioni nell'Universo dei 311 abitanti dell'astronave Luna. Il pubblico dimostrò di gradire la vicenda, mentre molte critiche furono rivolte alla sua implausibilità scientifica.
Lo scrittore di fantascienza Isaac Asimov commentò, ad esempio, che l'ipotesi di esplosioni nucleari che spostano l'orbita del nostro satellite era assurda. Nonostante ciò, comunque i soggetti erano originali, buone le scenografie e famosi sono rimasti i modellini di astronavi, mossi con fili invisibili su uno sfondo nero. Il cast, poi, era notevole e fu spesso integrato da ottime guest stars, anche italiane, come ad esempio Gianni Garko e Orso Maria Guerrini.
I personaggi principali erano: Martin Landau: Comandante John Koenig, bello e slanciato astrofisico americano che pochi giorni prima della catastrofe subentra al suo predecessore, il russo Gorskij. Barbara Bain: dottoressa Helena Russell, capo dello staff medico, che non nasconde un'attrazione, ricambiata per il comandante. I due attori allora erano sposati. Barry Morse: prof. Victor Bergman, scienziato che ha un cuore artificiale ed è direttore del dipartimento scientifico.
Manca nella seconda stagione e viene rimpiazzato dall'aliena Maya, interpretata da Catherine Schell, ultima superstite di un pianeta distrutto e capace di assumere le più disparate sembianze. Nick Tate: Alan Carter, comandante della flotta di Aquile (astronavi da trasporto) Al momento dell'esplosione è in volo verso la Terra, ma sceglie di seguire la sorte dei suoi compagni Zienia Merton: Sandra Benes, abile analista di dati.